杂交盒使芯片玻片（25×75nm）在杂交孵育过程中保持同一湿度。O型环和固定夹保证了重复使用时在水浴中不漏水，在杂交炉中保持密封。底部的孔可容纳10至15μL水以保证内部适合湿度。
标准的杂交盒（货号2551）具有统一的内部高度和体积，可使用1张1mm标准厚度的芯片和一张标准盖玻片。杂交盒II（货号40080）增加了内部高度，不仅可以进行一张芯片的杂交，还可以让使用者利用同一标记物同时杂交两张面对面放置的芯片。这种杂交盒可以使用比普通薄盖玻片更厚或更长的宽边盖玻片（Erie Scientific M-Series Lifter Slips ） |
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